La storia
Secondo alcuni l’opera sarebbe stata iniziata nel 694, per opera di un patrizio romano. Secondo altri nel 795, grazie ad un monaco di nobile famiglia longobarda e di origine salernitana. La prima notizia certa, tuttavia, risale al 868. Infatti in un atto giuridico vengono attribuite ad un monaco e al suo monastero, San Benedetto appunto, alcune terre. La data di fondazione si può quindi individuare tra il settimo e il nono secolo dopo Cristo. Nel 884 il monastero viene distrutto dai Saraceni, ma è subito ricostruito dall’abate Angelario. Nel 930 il complesso diviene abbazia e in poco tempo diviene punto di riferimento per l’universo religioso dell’ Italia meridionale. Nel 1057 diviene abate Alfano, che ordina la ricostruzione della chiesa, consacrata da Papa Gregorio VII, in esilio forzato a Salerno, che visse i suoi ultimi anni proprio fra le mura dell’ abbazia, dove morì nel 1085. 
Nel 1581, la cura religiosa del monastero viene affidata da Papa Gregorio XIII a quattro frati Benedettini Olivetani, attribuzione che diviene definitiva nel 1592.
Dal 1807 l’ abbazia cessa di essere tale per divenire caserma; la chiesa è teatro dal 1881 al 1845, per tornare chiesa dal 1857 al 1868 con il nome di "Santissimo Crocifisso", anno in cui ritorna al demanio militare. Nel 1963, infine, il ministero della Difesa restituisce la chiesa alla Curia. 

La leggenda di Pietro Barliario
Il crocifisso è circondato da una famosa leggenda. Si racconta, infatti, che la figura avrebbe chinato la testa in segno di perdono per Pietro Barliario, mago, alchimista e architetto, che in questa chiesa si sarebbe pentito dei suoi peccati. La leggenda vuole che quest’ultimo avesse costruito l’acquedotto, che riforniva anche San Benedetto, in una sola notte, con l’aiuto del diavolo. Quando i figli scoprirono le sue trame diaboliche, Pietro li uccise, ma pentitosi subito corse in chiesa, dove passò tre giorni a pregare. Infine ottenne il perdono divino, testimoniato dal miracolo e visse i suoi ultimi anni come asceta nell’abbazia. I pochi resti dell’acquedotto ora visibili, a via Arce, sono detti proprio per questo motivo "archi del diavolo". 

Il restauro
Dal 1965 ebbero inizio i lavori di restauro, volti non solo al consolidamento ma anche alla conoscenza profonda delle strutture, cosa che ha permesso di risalire a quelle che dovevano essere le forme originarie della chiesa.
 Tuttavia, in un lavoro nel complesso buono, è possibile rilevare alcune imperfezioni nel rifacimento della pavimentazione, che non lascia per niente intravedere quella che doveva essere la sua forma originaria.