La chiesa è stata fondata dai conti Guaiferio e Guido e dalla moglie di quest'ultimo Aloaria nel 987.
Presso la chiesa, in un secondo momento fu costruito il Monastero che fu il primo monumento del tempo. Questo ospitò le Benedettine fino al 1589, quando per il riordino dei monasteri, voluto dal Papa Sisto V, tutte le Benedettine andarono nel Monastero di San Giorgio, mentre le Clarisse(monache di clausura) occuparono il monastero di San Michele. Durante la loro permanenza nel Monastero, le clarisse, lo ampliarono grazie anche all'aiuto di Lucio San Severino. Nel 1866 fu soppresso e adibito a Ufficio Provinciale di Leva. In questo Monastero vi è un dipinto molto famoso di G. B. De Masi, che raffigura "L'ultima cena". Oggi, grazie al Sindaco De luca, e al Rettore dell'Università degli studi di Salerno Giorgio Donsì, questo Monastero completamente restaurato, è stato destinato a centro di residenza universitaria per ospitare docenti e studenti stranieri in visita al nostro Ateneo: finalmente l'Università di Salerno torna in città. 


Durante i lavori di ristrutturazione sono stati messe in luce una serie di strutture murarie sovrapposte che risalgono dal periodo Repubblicano all'età Rinascimentale.
In particolare il ritrovamento più interessante è rappresentato da un locale pavimentato con grossi tegoloni, presumibilmente un "calidarium" di un bagno pubblico.
Le terme sono in ottimo stato di conservazione anche se lo scavo ne ha messo in luce solo una piccola parte.
La chiesa di San Michele ha origini molto antiche, infatti risale al tempo dei Longobardi che riconoscevano in San Michele Arcangelo un Santo guerriero con gli attributi delle loro antiche divinità. 


La facciata della chiesa, simile ad una torre, è divisa da cornici in tre
ripiani con ampi finestroni al di sopra del pronao la cui volta è decorata da una membratura in stucco. 
Si accede alla chiesa attraverso un portale di marmo liscio.
L'intero è di stile barocco a pianta rettangolare ad unica navata con quattro cappelle ed un coro.

Pregevolissimo è l'altare commesso settecentesco, realizzato dal marmoraro napoletano Trinchese. Il pavimento della chiesa è composto da pietra lavica, mattoni rossi e tufo giallo. Al centro del pavimento una lapide sepolcrale contiene la seguente iscrizione: 
D. O. M.
Cineres quibus seraphicae sponsae tegebantur
viventes mente haud deposuerunt
ex his etenim humanam caducitatem meditantes
monumentum hoc extrui voluere
ut hic quiescere sinant donec angelica tuba
ad sponsum gloriosae resurgant
A. D. MDCCVII

Nella chiesa si possono ammirare pregevoli opere:
La Pentecoste di Michele Ricciardi sull'altare, San Francesco che detta le regole alle Clarisse di G. B. Rossi e due angeli, che si trovano ai lati dall'altare, scolpiti forse dal De Martino oppure dal Pagano.
Inoltre l'altare era arricchito da piccole teste di angelo di pregevole fattura che, purtroppo, sono state trafugate.